822 yılında Fransa'nın Dole şehrinde doğdu. 1846'da École Normale Supérieure'ün fen bölümünü bitirdi. 1847'de fizik ve kimya dalında doktora derecesini alan Pasteur, bu yıllarda izomerlik, kristal yapı ve optik etkinlik konularındaki çalışmalarıyla adını duyurmayı başardı. 1848'de Strasbourg Fen Fakültesi'nde yardımcı kimya profesörlüğüne yükseltildi. 1854'te Lille Fen Fakültesi'nde kimya profesörlüğüne ve Ecole Normale'de kurulmasını istediği araştırma laboratuarının yöneticiliğine getirildi. Bu laboratuarda, 1871'de şarbon, tavuk kolerası ve kuduz gibi virütik hastalıklar, bağışıklık mekanizması ve aşı hazırlama teknikleri üzerinde çalışmaya başlayan Pasteur, kuduz köpekler üzerindeki incelemelerini daha güvenli bir ortamda yapabilmek için 1885'te eski bir imparatorluk şatosunu amaca uygun olarak düzenleyerek, Pasteur Enstitüsü'nün çekirdeğini oluşturdu.