Protokol listelerinde seçilmişlerin atanmışlardan daha önlerde temsil edilmeleri gerekmektedir. Özellikle Genelkurmay Başkanının Milli Savunma Bakanının önünde yer alması doğru bir uygulama olarak kabul edilemez. Zaten bu sorun 2011 tarihinde Türkiye'de yapılan NATO Milli Savunma Bakanları toplantısında da kendini göstermiştir. Türkiye Cumhuriyeti Milli Savunma Bakanı NATO toplantısına katıldığı için Genelkurmay Başkanlığı sırf arkasına oturmamak için toplantıya iştirak etmemiştir. Burada Genelkurmay Başkanlığını suçlamak mümkün değildir. Sorunun Çözüm mercii de zaten kendisi değildir. Sorunu çözecek olan protokol listelerinin düzenlenmesinden sorumlu olan makamlardır. NATO ülkelerinin tamamında Genelkurmay Başkanı, Milli Savunma Bakanına bağlı ve protokolde ondan gelmesine rağmen Türkiye'de Genelkurmay Başkanı başkent protokolünde TBMM Başkanı ve Başbakan'dan sonra üçüncü sırada, Bakanlar Kurulu üyesi olan Milli Savunma Bakanı ise dokuzuncu sırada yer almaktadır. Bu çelişkiden dolayı